A la différence des autres ministères où il est confié à des inspecteurs « santé et sécurité au travail » adossés à l’inspection générale, le contrôle du respect des règles du code du travail est assuré à la Défense par l’inspection du travail dans les armées, spécialisée, placée sous la seule autorité du ministre de la défense et intégrée au contrôle général des armées.



Cette inspection est également chargée du contrôle de l’application du code du travail par les entreprises présentes au sein des emprises, soit dans le cadre de l’exécution d’un contrat, soit en vertu d’une autorisation d’occupation temporaire du domaine. Mais, dans le cas des entreprises extérieures, les inspecteurs du travail dans les armées ne se limitent pas à contrôler (comme c’est le cas pour le personnel du ministère) la réglementation relative à la santé et sécurité au travail : ils ont compétence pour contrôler l’application de l’ensemble du code du travail, aux lieu et place de l’inspection du travail du régime général.

De la même façon, les inspecteurs de la radioprotection ont les mêmes compétences que les inspecteurs de l'autorité de sûreté nucléaire.

L'inspection des installations classées pour la protection de l’environnement veille à l'application de la réglementation et apporte, dans ce cadre, conseil et expertise aux exploitants. Elle est chargée du traitement administratif du suivi des sites et sols pollués. Elle assure en outre la police de l’eau au sein du ministère et conduit, en liaison étroite avec le ministère de l’écologie, la rédaction et la mise en œuvre des plans de prévention des risques technologiques pour les établissements « SEVESO » du ministère.