Né le 12 juillet 1970 à Bourg-en-Bresse (01), le général de division aérienne Emmanuel Naëgelen est issu de la promotion « Capitaine Koenig » de l’École de l’Air en 1991. 

Il sert au début de sa carrière en tant qu’expert de la sécurité informatique au sein de l’armée de l’Air, de 1995 à 1999, au sein du Centre d’expériences aériennes militaires. Il rejoint l’état-major de l’armée de l’Air de 2001 à 2004 en tant que conseiller sur les programmes nouveaux.

Il sort breveté de l’École de Guerre en 2008 et intègre l’état-major des Armées (EMA) en tant que chef de cellule cyberdéfense. Il est notamment en charge de la cyberdéfense des opérations militaires et travaille directement au sein du Centre de planification et de conduite des opérations de l’EMA.

Il sert par la suite de 2011 à 2016 en tant que chef de service en charge de la cyberdéfense au ministère des Armées.

En septembre 2016, Emmanuel Naëgelen devient commandant de l’École des pupilles de l’Air, établissement à vocation sociale de 700 élèves. Deux ans plus tard, il prend la tête du pôle opérations du Commandement de la cyberdéfense (COMCYBER) du ministère des Armées.

De 2019 à 2020, il suit la deuxième session nationale « souveraineté numérique et cybersécurité » de l'Institut des hautes études de défense nationale (IHEDN) et de l'Institut national des hautes études de la sécurité et de la justice.

Il devient par la suite conseiller « industrie et secteur privé » de Guillaume Poupard au sein de l’Agence nationale de la sécurité des systèmes d’information (ANSSI). Il est nommé directeur général adjoint de l’ANSSI en janvier 2021.

En 2022, il est promu général de brigade aérienne.

Le 1^er août 2025, il est promu aux rang et appellation de général de division aérienne et est nommé commandant de la cyberdéfense de l’état-major des Armées à compter de la même date.

Officier dans l’ordre de la légion d’honneur et de l’ordre national du Mérite, le général de division aérienne Naëgelen est marié, père de 3 enfants et est également diplômé d’un diplôme d’études approfondies (DEA) de l’Université d’Aix-Marseille en économie des systèmes complexes.