Malgré la guérilla, la majorité du territoire espagnol est sous contrôle français et en 1809 une dernière campagne conduite par le général comte Dupont de l’Etang est censée vaincre les dernières troupes espagnoles et occuper l’Andalousie.

A la tête du II^e Corps d’observation de la Gironde (24.000 hommes), le général Dupont remporte d’abord quelques succès et s’empare de Cordoue mais il est encerclé et battu par les troupes espagnoles du général Castanos (30.000 hommes) lors de la bataille de Bailén (ou Baylen) du 19 au 22 juillet 1809. Dupont signe alors la convention d’Andùjar qui acte la capitulation de son armée. 

L’effet moral est désastreux puisque pour la première fois sur le théâtre espagnol, une armée française est vaincue en bataille rangée. Cette nouvelle redonne courage à tous les adversaires de la France et les encourage à reprendre le combat.

Cette capitulation pose aussi la question du traitement des prisonniers de guerre durant cette période. En effet les conditions de la convention d’Andùjar ne sont pas respectées par les vainqueurs et sur les 16.000 prisonniers français qui sont internés sur les pontons puis sur l’île de Cabrera (Baléares) seuls 3.000 survivants peuvent regagner la France en 1814.  

La bibliothèque possède plusieurs ouvrages sur le sujet qui évoquent autant le contexte des guerres napoléoniennes que celui de la guerre d’Espagne (1809-1814), mais aussi des mémoires et témoignages qui portent en particulier sur le sort des prisonniers français.