A l’issue d’une scolarité au Prytanée National Militaire de La Flèche, il intègre l’école spéciale militaire de Saint-Cyr Coëtquidan en 1989. Il débute sa carrière militaire en 1993 au 3e régiment d’artillerie de Marine (3e RAMa) à Verdun puis Canjuers.

Il est affecté outre-mer en 1996, en tant que chef de section au régiment d’infanterie de Marine du Pacifique de Nouvelle-Calédonie (RIMaP-NC).

Deux ans plus tard, il rejoint la Bretagne et le 11e régiment d’artillerie de Marine (11e RAMa), où il commande une batterie de tir avec laquelle il est déployé à deux reprises en Martinique (compagnie d’infanterie du 33e RIMa) puis à Djibouti (batterie mixte du 5e RIAOM).

De retour aux écoles de Saint-Cyr Coëtquidan en 2001, il commande une compagnie d’élèves-officiers avant de partir en opération au Kosovo au sein de l’état-major de la KFOR (Kosovo Force).

Entre 2003 et 2005, il suit la scolarité du collège interarmées de défense, à Paris. Il est affecté à l’issue à l’état-major opérationnel Terre, comme officier rédacteur « Afrique », et sera projeté au Tchad en 2007, comme commandant du détachement EPERVIER à Abéché.

De nouveau affecté au 11e RAMa comme chef du bureau opérations instruction jusqu’en 2010, il est notamment projeté en Afghanistan en tant que chef d’une équipe de liaison auprès de l’armée Afghan  (Operational Mentoring Liaison Team - OMLT), avant d’être affecté à l’état-major des armées au poste d’adjoint au bureau Afrique, de 2010 à 2012.

En 2012, il prend le commandement du 11e RAMa. Durant ces deux années passées à la tête des « bigors » de La Lande d’Ouée, il est engagé comme chef de l’assistance militaire opérationnelle de l’opération SERVAL dans le Nord Mali.

De 2014 à 2016, il commande la division opérations de l’état-major de zone de défense Ouest à Rennes, avant d’être auditeur au centre des hautes études du ministère de l’Intérieur (CHEMi) et de l’institut national des hautes études de sécurité et justice (INHESJ), pendant un an.

Après deux années passées à l’état-major des armées comme chargé d’anticipation et de synthèse au Centre de Planification et de Conduite des Opérations (CPCO), et promu général de brigade le 1er juin 2019, il prend le commandement des Forces armées dans la zone sud de l’océan Indien le 16 août 2019.

A l’issue de ce commandement, il rejoint l’état-major des Armées à Paris comme chef de la division emploi des forces – protection le 1er août 2021.

Le 1er août 2023, il est nommé officier général adjoint au major général des armées et chef de la division « études, stratégie et management général » de l’EMA.

Officier de la Légion d’honneur et commandeur de l’ordre national du Mérite, le général Yves Métayer est décoré de la Croix de la Valeur militaire avec une citation.