Le C2PO a pour mission de concevoir, organiser et conduire des exercices interarmées pour entraîner les états-majors, directions et services (EMDS) au combat dans le cyberespace. Pour cela, il crée et anime des exercices nationaux tels que l’exercice annuel de cyberdéfense DEFNET, qui vise principalement à confirmer le niveau d’expertise spécifique de l’ensemble de la chaîne cyber face à des menaces et des attaques cyber. Le C2PO anime également des exercices internationaux de cyberdéfense à l’instar de Locked Shields, orchestré en lien avec le Cooperative Cyber Defense Center of Excellence (CCDCOE) situé à Tallinn. Depuis la France, des cybercombattants prennent part, à cet exercice annuel sous l’égide du C2PO. Locked Shields s’articule autour d’une équipe dite « blue team » chargée de défendre et maintenir une infrastructure opérationnelle face à une « red team » dont la mission est principalement de créer des attaques cyber.

Le C2PO est également chargé de la préparation opérationnelle, dite « prépa ops » des cybercombattants. Il propose ainsi des entraînements spécifiques dédiés aux spécialistes cyber, évalue le niveau de compétences, et le cas échéant, les réoriente ou les renforce.

Ces entraînements visent à développer la capacité opérationnelle individuelle et collective des cybercombattants. Ces sessions d’entrainement du cycle LID (lutte informatique défensive) comportent différents niveaux (initiation, confirmé). Le C2PO permet ainsi d'accroitre l’efficacité des experts cyber, de tester et développer des tactiques, techniques et procédures de la chaîne de cyberdéfense et de renforcer l’interopérabilité entre les organismes entrainés. Certains exercices perfectionnent également la coopération cyber avec le tissu industriel et académique.