Diplômé de l’Institut d’études politiques de Bordeaux en 1990 et titulaire d’une licence de droit, il intègre à sa sortie de l’École nationale d’administration en 1995 l’inspection générale de l’administration au ministère de l’Intérieur ; il y sera chargé de missions d’évaluation de politiques publiques et d’audits d’organismes administratifs.

En 1999, il est affecté à la direction du budget au ministère de l’Économie et des Finances, où il est adjoint au chef du bureau logement-aménagement, puis du bureau Défense. En 2001, il devient sous-directeur du budget de l’enseignement supérieur et de la recherche au ministère de l’Éducation nationale et de la recherche.

Il rejoint en 2004 le ministère de la Défense où il est nommé sous-directeur puis chef du service des synthèses et du pilotage budgétaire à la direction des affaires financières.

Entre 2008 et 2016, Christophe Mauriet est directeur général adjoint, chargé de l’administration de l’Institut Pasteur.

Il fut auditeur de l’IHEDN en 2008 (60e session).