La commission des statuts traite de questions liées au statut général, aux statuts particuliers et de toutes autres questions à connotation juridique.

La commission rémunération (des régimes indiciaires ou indemnitaires et des pensions) traite différents sujets dont les régimes de solde, les prestations familiales, les pensions et les droits individuels.

La commission condition du personnel (du moral et du social, des conditions de vie et de l’environnement professionnel) traite de différents sujets tels que la protection sociale des militaires, l’égalité professionnelle, la fidélisation, la reconversion, les blessés ou encore la vie quotidienne des militaires.

Tout membre du CSFM doit s’inscrire dans une, et une seule, des commissions. Le secrétaire général du Conseil s’assure que la composition de chaque commission reflète autant que possible le caractère interarmées et inter-catégoriels de la communauté militaire. Chaque commission procède à l’élection d’un secrétaire et d’un secrétaire adjoint pour la durée du mandat du conseil. Ces mandats sont incompatibles avec celui de secrétaire du conseil.

Dans son domaine respectif, chaque commission :

- procède, en liaison avec les organismes intéressés de l’administration centrale, à l’étude préliminaire des propositions, études et suggestions qui lui sont adressées par le ministre des armées ;

- prépare les travaux du conseil et propose un projet d’avis destiné à être soumis à délibération de ce dernier.

Chaque commission peut proposer au conseil de soumettre au ministre l’étude d’un thème choisi. Les questions traitées par les commissions sont inscrites à l’ordre du jour du CSFM.

Le secrétaire de chacune des commissions assiste le secrétaire général du conseil dans l’animation de leurs travaux respectifs.

Chaque commission se réunit une fois par mois afin de procéder à l’étude des projets de textes soumis pour avis au Conseil. Le Conseil est réuni une dizaine de fois par an, soit en réunion du Conseil essentiellement pour examiner les textes qui lui sont soumis pour avis, soit en sessions plénières présidées par le ministre des Armées et en présence des hautes autorités du ministère.

De manière transverse, les commissions peuvent également traiter d’autres types de sujets comme par exemple les mesures d'aide aux familles.