Outre sa direction à Arcueil (94), le SIAé compte 5 établissements principaux (appelés « Ateliers industriels de l’aéronautique » ou encore « AIA »). Ces ateliers sont situés à :

• Bordeaux (dont le site de Croix d’Hins et des antennes à Mont-de-Marsan, Orléans, Saint-Dizier, Nancy, Luxeuil, Orange, Evreux et Melsbroek en Belgique)
• Clermont-Ferrand (avec des antennes à Orléans, Phalsbourg et Evreux).
• Cuers-Pierrefeu (avec des antennes à Hyères, Phalsbourg et à Philadelphie aux Etats-Unis)
• Ambérieu-en-Bugey
• Bretagne (dont les sites sont répartis à Lann-Bihoué, Lanvéoc et Landivisiau)

Chaque atelier a des activités spécifiques : 

• Bordeaux (antenne à Mont-de-Marsan) : maintenance moteurs et d’équipements associés : M88, M53, TP400, T56, MTR, Larzac
• Clermont-Ferrand (antennes à Phalsbourg, Toul, Saint-Dizier et Orléans): maintenance et modernisation d’aéronefs, équipements : Rafale, Mirage 2000, A 400M, C130H, Alphajet, Tigre, Puma, Gazelle
• Cuers-Pierrefeu : maintenance et modernisation d’aéronefs, équipements, systèmes, radômes : ATL2, E2C, Dauphin, Panther, NH90
• Ambérieu : radars sol, 3S, matériels de servitude aéronautique, métrologie
• Bretagne : BAN Lann-Bihoué (ATL2, E2C), BAN Landivisiau (Rafale) et Lanvéoc-Poulmic (hélicoptères marine : NH90, Alouette III et Dauphin, Panther) + Moteurs